В девятнадцатом веке во время длительной политической и военной борьбы между датчанами и немцами за обладание Шлезвигом, Даневирке служил мощным символом датского национализма. В частности, он был символом датских исторических претензий на всю эту территорию, — хотя на протяжении веков с момента его строительства языковые границы постепенно перешли на север, так что в девятнадцатом веке территории к северу от Фленсбурга, а также к югу от Даневирке были преимущественно немецкоязычными.
Последний раз Даневирке использовался в военных целях во время Второй войны за Шлезвиг в 1864 году. В связи с вышеупомянутым символизмом сооружения общественное мнение в Дании ожидало предстоящий бой именно здесь. Хотя битва и не состоялась именно там, несколько ранних стычек произошло к югу от сооружения. К марту 1864 года датская армия (38 тысяч человек, 277 орудий) под командованием генерал-лейтенанта К. де Меца отступила через Фленсбург на укрепленные позиции в районе города Дюббель. Другая часть датской армии отошла на север Ютландии, где засела в крепости Фредерисия. В марте прусско-австрийские войска осадили крепость, а 18 апреля разгромили датчан у Дюббеля. 29 апреля датские войска вынуждены были оставить Фредерисию и эвакуироваться на острова Альс и Фюн. Новости об отступлении стали большим шоком для датского общественного мнения, для датчан Даневирке считалась неприступной, генерал де Меца был немедленно отстранен от командования.