А с чего вы решили, что речь шла о тотальном исотреблении? Тотально истреблялись как раз советские евреи. Помните еврейское восстание в Варшаве? Т.е. там евреи какое-то время жили, и даже ухитрились восстать. В Дании, к примеру, евреи носили жёлтые звёзды, чтобы отличаться. Так что каждого пойманного еврея сразу не тащили к стенке.
Что до причин, то сдаётся что от поражения в ПМВ, испытанное унижение удачно свалили с больной головы на здоровую.

Немного не в тему, но все же, интересные факты о взаимоотношениях Германии и сионизма
http://putnik1.livejournal.com/2011/10/06/
http://putnik1.livejournal.com/1378571.html
http://putnik1.livejournal.com/1378823.html#cutid1