Хронологические рамки предлагаемой темы - XVIII - начало XX века. Особенностей в Прибалтийских областях (Лифляндия, Эстляндия, Курляндия) было две - управление, несколько отличавшееся от остальных областей России (в первую очередь, городское самоуправление), а также конфессиональные особенности - большая часть населения на этой территории исповедовало протестантскую религию, и с этим центральной власти приходилось считаться.
Для начала немного о включении этих областей в состав России при Петре I.

В Нарве, взятой в 1704 г., с самого начала Петром I проводилась политика по укреплению в этом городе русского населения. К примеру, по свидетельству датского посланника  Ю. Юля обе лютеранские церкви (немецкая и шведская) были «отняты у жителей» (богослужения после этого проходили в ратуше), а в тот период, когда русские войска готовились отражать вторжение армии шведского короля, население Лифляндии рассматривалось царем, скорее, как неприятельское. В частности, в начале февраля 1708 г. он распорядился взорвать укрепления Дерпта. Помимо этого, жителей Нарвы и Дерпта было решено выселить из этих городов и выслать во внутренние губернии. Причины выселения жителей Нарвы, по мнению А.В. Петрова (с которым вполне можно согласиться), состояли или в желании сделать этот город русским, или в боязни измены со стороны покоренных граждан, скорее всего и то, и другое вместе (это же относится и к жителям Дерпта). При этом жителям разрешалось взять с собой или продать все движимое имущество, а если это сделать не удастся, оставить в надежном месте (в 1714 г. им было разрешено вернуться обратно, но большая часть из них решили остаться в тех местах, куда были высланы). А вот в 1710 г. политика царя изменилась кардинальным образом.

Весной 1710 г. при вступлении русских войск в Прибалтийские земли жителям был разослан «универсал». В начале Петр I сообщал, что он вынужден направить свои войска в Эстляндию для того, чтобы укрепиться в морских гаванях и тем защитить себя от неприятельских вторжений. При этом жителям Эстляндии обещали, что всем «к какому бы сословию они не принадлежали и каково бы ни было их имущественное положение…не исключая самого простого крестьянина» полную безопасность и благоволение в их поместьях, домах и жилищах и на дорогах. Вместе с тем от жителей требовалось: во-первых, оставаться в своих домах и жилищах, достойно вести себя по отношению к русским солдатам и официальным лицам, доставлять войскам необходимые припасы и продовольствие. Крестьянам приказывалось оставаться в своих домах и не скрываться в лесах, если они не хотят лишиться имущества и жизни. Далее обещалось не вводить в стране никаких новшеств, оставить прежнее вероисповедание и привилегии. В конце универсала предупреждалось, чтобы жители не надеялись напрасно на шведскую помощь.

Одной из основных особенностей рижской крепости (которая была блокирована еще осенью 1709 г.) являлось некоторая двойственность управления данными укреплениями. Еще с середины XIV в. следует различать: собственно крепость, находившуюся в городском ведомстве, и укрепления замка, который последовательно занимали рыцарский, польский, шведский, а затем русский гарнизоны . Поэтому при капитуляции Риги в июле 1710 г. шведский гарнизон покинул ее, но остались все лифляндские офицеры и рядовые.

При капитуляции шведского гарнизона фельдмаршал Б.П. Шереметев и рижский магистрат заключили специальный договор , по которому, в частности, предусматривалось, что «что принадлежит до строения крепости и до находящейся в городе артиллерии, мортир, пушек гоубиц и прочего, какого бы все звания ни были, обще с оружейными домами, и что в них находится и к ним принадлежать может, крупные и мелкие оружейные припасы и ружья обще с пороховыми башнями и магазейными домами: оное все оставить обще с артиллерийскими и фортификационными служителями, и малое число городскою инфантериею, в магистратской дирекции, без всякой перемены, как то оной магистрат при всем оном спокойном владении поныне и находился». Б.П. Шереметев согласился на это требование, с тем условием, «чтоб магистрат крайнее предлагал радение, все показанное в сем пункте завсегда в таком состоянии содержать, дабы в нужном случае оное в действие употребить было можно». Кроме того, было оговорено, что город, по возможности, будет освобожден от постоев и контрибуций. Таким образом, часть артиллерии крепости оказалась в подчинении городского магистрата, за которым были сохранены все его права и привилегии. В соответствии с этим договором в Риге сохранялось аугсбургское вероисповедание.

Подводя итоги, можно сказать, что в царствование Петра Великого на Прибалтийских территориях были установлены особые принципы управления, основанные на учете местных традиций, в том числе и с военной точки зрения. Практика показала, что при этом не все было гладко и порой возникали трения, однако это не привело к каким-либо изменениям в управлении данными провинциями. В дальнейшем многие представители из этих земель верой и правдой служили России, что может подтвердить правильность курса, выбранного Петром I в годы Северной войны.

Источники и литература (краткий список):
Письма и бумаги императора Петра Великого. Т. VIII. Пг., 1918; Т. XII. Вып. 1. М., 1977.
Полное собрание законов Российской империи.  Издание 1-е СПб., 1830. Т. 4. № 2278, № 2286, № 2287, № 2297.
Сборник материалов и статей по истории Прибалтийского края. Т. I-II. Рига, 1876-1879.

Вебер Ф.Х. Преображенная Россия // Русский архив. 1872. Вып. 6.
Точное известие о... крепости и городе Санкт-Петербург, о крепостце Кроншлот и их окрестностях // Беспятых Ю.Н. Петербург Петра I в иностранных описаниях. Л., 1991.
Фоккеродт И.-Г. Россия при Петре Великом // Неистовый реформатор. М., 2000.
Юль Ю. Записки Юста Юля, датского посланника пари Петре Великом // Лавры Полтавы. М., 2001.
Петров А.В. Город Нарва, его прошлое и достопримечательности в связи с упрочением русского господства на Балтийском побережье. СПб., 1901.

Пока предлагаю обсудить этот период, затем можно будет продолжить.