Не стоит пытаться найти рациональное объяснение факту присутствия данного персонажа в мире Средиземья. Подозреваю, что Бомбадил туда помещен шутки ради. Это просто герой других сочинений Толкина, никак не связанных со Средиземьем. Видимо, Толкин подумал, а почему бы и не поселить его в Средиземье, отведя для него маленький уголок, но при этом наделив его в этом уголке безграничной властью (поместив тем самым его где-то между Илуватаром и валарами). Заметьте, в Сильмариллионе (официальной истории Средиземья) о нем - ни слова, что лишний раз указывает на случайность и несерьезность данного персонажа в ВК